atomics: update documentation

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      <body>
          <h1>QEMU @@VERSION@@ Documentation</h1>
          <ul>
-            <li><a href="qemu-qmp-ref.html">QMP Reference Manual</a></li>
-            <li><a href="qemu-ga-ref.html">Guest Agent Protocol Reference</a></li>
-            <li><a href="interop/index.html">System Emulation Management and Interoperability Guide</a></li>
-            <li><a href="specs/index.html">System Emulation Guest Hardware Specifications</a></li>
              <li><a href="system/index.html">System Emulation User's Guide</a></li>
-            <li><a href="tools/index.html">Tools Guide</a></li>
              <li><a href="user/index.html">User Mode Emulation User's Guide</a></li>
+            <li><a href="tools/index.html">Tools Guide</a></li>
+            <li><a href="interop/index.html">System Emulation Management and Interoperability Guide</a></li>
+            <li><a href="specs/index.html">System Emulation Guest Hardware Specifications</a></li>
+            <li><a href="qemu-qmp-ref.html">QMP Reference Manual</a></li>
+            <li><a href="qemu-ga-ref.html">Guest Agent Protocol Reference</a></li>
          </ul>
      </body>
  </html>